Na podnet riaditeľov niekoľkých nemocníc sa v marci 1991 uskutočnilo spoločné stretnutie s cieľom založiť dobrovoľné združenie nemocníc, ktoré by slúžilo na obhajobu spoločných záujmov, vzájomnú podporu, výmenu informácií a aj spoluprácu s podobnými organizáciami v zahraničí. Stanovy organizácie nazvanej Asociácia nemocníc Slovenska boli zaregistrované na Ministerstve vnútra SR dňa 15. 4. 1991 ako dobrovoľné, neštátne a záujmové združenie.
Členstvo v ANS bolo ponúknuté existujúcim OÚNZ a samostatným lôžkovým zdravotníckym zariadeniam. Myšlienka spoločnej organizácie postupne získavala podporu, a tak sa zvyšoval aj počet členov ANS :
k 28. 5. 1991 sa prihlásilo 29 nemocníc, 3 ústavy, 3 OÚNZ,
k 22. 6. 1991 - už bolo 52 členov,
2k 12. 3. 1993 - 84 členov,
k 31. 12. 1993 sa celkový počet zvýšil na 93 členov.
Prvým prezidentom ANS a jeden z jej zakladateľov, ktorý sa veľkou mierou pričinil o jej rozvoj, bol Doc. MUDr. Marián Benčat, PhD, bývalý riaditeľ Martinskej fakultnej nemocnice. Pod jeho dlhoročným vedením sa ANS rozrástla nielen člensky, ale aj profesionálne. V súčasnosti je počet členov ANS 81, ich spolupráca je založená na regionálnom princípe (11 regiónov) a zástupcovia regiónov – členovia Rady ANS svojou činnosťou zviditeľnili ANS. Významným krokom bolo prijatie ANS za člena Asociácie zamestnávateľských zväzov a združení SR (AZZZ SR) v roku 1993, čím získala priamy kontakt nielen so zamestnávateľskou obcou, ale aj kontakt s Vládou SR a odbormi a získala možnosť presadzovať záujmy nemocníc pri príprave legislatívy. Ako člen AZZZ SR sa ANS zúčastňuje zasadnutí Hospodárskej a sociálne rady (HSR) a v rámci rezortu zdravotníctva aj zasadnutí odvetvovej HSR. ANS sa stala partnerom združení v zdravotníctve, zdravotných poisťovní a MZ SR. ANS vypracovala organizačný audit, ktorý realizoval doc. MUDr. Ján Bielik, CSc. v niektorých nemocniciach, v roku 1999 iniciovala kreovanie inštitútu dohodovacieho konania, participovala na príprave kritérií pre akreditáciu nemocníc. Od roku 1992 pôsobila pri ANS Komisia pre práva pacientov. Spoločná práca MUDr. Dušana Mištunu, PhD., doc. PhDr. Márie Nemčekovej, CSc. a Mgr. Kataríny Žiakovej priniesla výsledok v roku 2000 vo forme publikácie Práva pacientov. Počas niekoľkých rokoch sa ANS podarilo stabilizovať svoje postavenie na plnenie hlavného cieľa - obhajoby záujmov lôžkových zdravotníckych zariadení s cieľom zachovania a zvyšovania úrovne poskytovania zdravotnej starostlivosti. ANS stála pri zrode a vývoji reformy zdravotníctva, mnohých legislatívnych usmernení, cenovej regulácie, usilovala sa o konkretizáciu vyhlásenia vlády v oblasti zdravotníctva, snažila sa podporiť a stabilizovať zdravotnícke zariadenia.
V marci 2001 sa stal historicky druhým prezidentom ANS MUDr. Peter Ottinger, riaditeľ NsP Piešťany, ktorý aktívne pokračoval v riešení kritickej, najmä finančne náročnej situácie zdravotníckych zariadení. V dobe transformácie zdravotníctva a celej štátnej správy sa vynára nový problém týkajúci sa nielen, ale aj, nemocníc – j e d n o t a. ANS pod vedením nového prezidenta mobilizovala svojich členov, podnikla nové kroky a rokovala o aktuálnych problémoch zdravotníctva na úrovni ministra zdravotníctva, zástupcov MZ SR, zdravotných poisťovní, rezortných partnerov, zamestnávateľov a odborov.
Po menovaní do funkcie štátneho tajomníka MZ SR sa MUDr. Peter Ottinger vzdal funkcie prezidenta ANS. Právomoci a kompetencie prezidenta ANS prevzala Rada ANS, ktorá následne poverila viceprezidenta ANS MUDr. Mariána Petka právomocou zvolávať orgány ANS až do zvolenia prezidenta ANS. Zhromaždenie členov ANS v roku 2003 na svojom marcovom zasadnutí zvolilo za prezidenta ANS MUDr. Pavla Sedláčka, MPH vtedajšieho riaditeľa NsP Trenčín a zaviazala ho prípravou novej podoby ANS, ktorá by reflektovala prebiehajúce zmeny v zdravotníctve.
V roku 2006, po zvolení za predsedu Trenčianskeho samosprávneho kraja, sa MUDr. Pavol Sedláček, MPH vzdal funkcie prezidenta a ANS na svojom Volebnom zhromaždení dňa 9.3.2006 v Martine zvolila za nového prezidenta ANS MUDr. Mariána Petka, MPH, riaditeľa NsP Sv. Jakuba, n.o., Bardejov, ktorého Volebné zhromaždenie členov ANS v rokoch 2009, 2012, 2015, 2018 a 2024 potvrdilo vo funkcii na ďalšie volebné obdobie.
ANS ako jedna zo štyroch účastníkov založila v roku 1992 Nadáciu na vznik školy zdravotníckych manažérov, ktorá sa v roku 1994 transformovala na samostatnú verejno-právnu inštitúciu Školu zdravotníckych manažérov.
Okrem uvedených aktivít nadviazala ANS spoluprácu so Slovenskou akademickou informačnou agentúrou (SAIA) a od roku 1993 je členom Slovenskej humanitnej rady (SHR). Na realizáciu obchodnej a hospodárskej činnosti založila v roku 1993 ANS spoločnosť s ručením obmedzením IDAN. Vzhľadom na zmenu priorít sa ANS v roku 2003 rozhodla previesť obchodný podiel v spoločnosti IDAN na inú spoločnosť. Vede, výskumu a kvalite sa ANS venovala v odbornom časopise Moderný medicínsky manažment, ktorý vydávala 4 krát ročne až do konca roku 2002, kedy časopis zanikol.
ANS od svojho počiatku rozvíjala zahraničné kontakty účasťou na medzinárodných zdravotníckych kongresoch, bilaterálnymi stretnutiami (najmä so zástupcami Českej republiky a Rakúska), členstvom v Redakčnej rade medzinárodného zdravotníckeho časopisu Hospital (MUDr. Juraj Gémeš) a inými aktivitami. Medzi konkrétne úspechy patrí poskytnutie pomoci slovenskému zdravotníctvu americkou agentúrou USAID, dar firmy Samsung-Electronics v roku 1995 v hodnote 100 000 USD na nákup sanitných vozidiel pre členov ANS, organizácia ekonomického seminára v roku 1992 a seminára o nemocničnom manažmente v roku 1995 v spolupráci s Voluntary Hospitals of America, ponuka študijných pobytov pre zdravotníckych zamestnancov od asociácie nemocníc vo Francúzku, zdravotnícka literatúra z projektu HOPE v hodnote cca 8,3 mil. Sk a iné.
Medzi najdôležitejšie diplomatické úspechy ANS na zahraničnom poli je členstvo ANS v Európskej asociácii manažérov nemocníc (EAHM, predtým EAHA) od roku 1994 a prijatie ANS za stáleho člena Stálej komisie nemocníc pri Európskej únii (HOPE) v roku 2005.
Administratívne činnosti, organizáciu rokovaní a komunikáciu medzi jednotlivými členmi ANS, ako aj s ostatnými sektormi v zdravotníctve zabezpečuje Kancelária ANS so sídlom v Bratislave, ktorej Výkonnou riaditeľkou je v súčasnosti JUDr. Ľubomíra Slavíková, MHA, a to v spolupráci so samostatným odborným referentom Mgr. Luciou Melichovou. Uznanie patrí aj predchodcom: Ing. Miroslavovi Valaštíkovi, Ing. Ľubomírovi Kohútovi, Ing. Bohušovi Záborskému, Ing. Mariánovi Roľkovi, Ing. Miroslavovi Glonekovi, p. Rut Murínovej ako aj všetkým zamestnancom kancelárie a spolupracovníkom ANS (Ing. Tatiana Tachezyová, Elena Močilanová, Lucia Richterová, MUDr. Milan Novák, MUDr. Jozef Jakuš, prof. MUDr. RNDr. Rudolf Pullmann a i.)